Move all files

Analyse Multidimensionnelle/ADN/.idea/.gitignore

@@ -1,10 +0,0 @@
-# Default ignored files
-/shelf/
-/workspace.xml
-# Editor-based HTTP Client requests
-/httpRequests/
-# Datasource local storage ignored files
-/dataSources/
-/dataSources.local.xml
-# GitHub Copilot persisted chat sessions
-/copilot/chatSessions

Analyse Multidimensionnelle/ADN/.idea/ADN.iml

@@ -1,11 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<module type="JAVA_MODULE" version="4">
-  <component name="NewModuleRootManager" inherit-compiler-output="true">
-    <exclude-output />
-    <content url="file://$MODULE_DIR$">
-      <excludeFolder url="file://$MODULE_DIR$/.idea/copilot/chatSessions" />
-    </content>
-    <orderEntry type="inheritedJdk" />
-    <orderEntry type="sourceFolder" forTests="false" />
-  </component>
-</module>

Analyse Multidimensionnelle/ADN/.idea/discord.xml

@@ -1,7 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="DiscordProjectSettings">
-    <option name="show" value="PROJECT_FILES" />
-    <option name="description" value="" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/ADN/.idea/misc.xml

@@ -1,19 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="ProjectRootManager" version="2" languageLevel="JDK_20" default="true" project-jdk-name="20" project-jdk-type="JavaSDK">
-    <output url="file://$PROJECT_DIR$/out" />
-  </component>
-  <component name="RMarkdownSettings">
-    <option name="renderProfiles">
-      <map>
-        <entry key="file://$PROJECT_DIR$/main.rmd">
-          <value>
-            <RMarkdownRenderProfile>
-              <option name="outputDirectoryUrl" value="file://$PROJECT_DIR$" />
-            </RMarkdownRenderProfile>
-          </value>
-        </entry>
-      </map>
-    </option>
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/ADN/.idea/modules.xml

@@ -1,8 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="ProjectModuleManager">
-    <modules>
-      <module fileurl="file://$PROJECT_DIR$/.idea/ADN.iml" filepath="$PROJECT_DIR$/.idea/ADN.iml" />
-    </modules>
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/ADN/.idea/rGraphicsSettings.xml

@@ -1,9 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="RGraphicsSettings">
-    <option name="height" value="450" />
-    <option name="resolution" value="75" />
-    <option name="version" value="2" />
-    <option name="width" value="720" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/ADN/.idea/rMarkdownGraphicsSettings.xml

@@ -1,7 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="RMarkdownGraphicsSettings">
-    <option name="globalResolution" value="75" />
-    <option name="version" value="2" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/ADN/.idea/rSettings.xml

@@ -1,8 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="RSettings">
-    <option name="interpreterPath" value="/usr/local/bin/R" />
-    <option name="loadWorkspace" value="true" />
-    <option name="saveWorkspace" value="true" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/ADN/.idea/vcs.xml

@@ -1,6 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="VcsDirectoryMappings">
-    <mapping directory="$PROJECT_DIR$/../.." vcs="Git" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/DM ACP/.idea/.gitignore

@@ -1,10 +0,0 @@
-# Default ignored files
-/shelf/
-/workspace.xml
-# Editor-based HTTP Client requests
-/httpRequests/
-# Datasource local storage ignored files
-/dataSources/
-/dataSources.local.xml
-# GitHub Copilot persisted chat sessions
-/copilot/chatSessions

Analyse Multidimensionnelle/DM ACP/.idea/DM ACP.iml

@@ -1,9 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<module type="JAVA_MODULE" version="4">
-  <component name="NewModuleRootManager" inherit-compiler-output="true">
-    <exclude-output />
-    <content url="file://$MODULE_DIR$" />
-    <orderEntry type="inheritedJdk" />
-    <orderEntry type="sourceFolder" forTests="false" />
-  </component>
-</module>

Analyse Multidimensionnelle/DM ACP/.idea/discord.xml

@@ -1,7 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="DiscordProjectSettings">
-    <option name="show" value="PROJECT_FILES" />
-    <option name="description" value="" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/DM ACP/.idea/misc.xml

@@ -1,19 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="ProjectRootManager" version="2" languageLevel="JDK_20" default="true" project-jdk-name="20" project-jdk-type="JavaSDK">
-    <output url="file://$PROJECT_DIR$/out" />
-  </component>
-  <component name="RMarkdownSettings">
-    <option name="renderProfiles">
-      <map>
-        <entry key="file://$PROJECT_DIR$/DM_ACP.Rmd">
-          <value>
-            <RMarkdownRenderProfile>
-              <option name="outputDirectoryUrl" value="file://$PROJECT_DIR$" />
-            </RMarkdownRenderProfile>
-          </value>
-        </entry>
-      </map>
-    </option>
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/DM ACP/.idea/modules.xml

@@ -1,8 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="ProjectModuleManager">
-    <modules>
-      <module fileurl="file://$PROJECT_DIR$/.idea/DM ACP.iml" filepath="$PROJECT_DIR$/.idea/DM ACP.iml" />
-    </modules>
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/DM ACP/.idea/rGraphicsSettings.xml

@@ -1,9 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="RGraphicsSettings">
-    <option name="height" value="450" />
-    <option name="resolution" value="75" />
-    <option name="version" value="2" />
-    <option name="width" value="720" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/DM ACP/.idea/rMarkdownGraphicsSettings.xml

@@ -1,7 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="RMarkdownGraphicsSettings">
-    <option name="globalResolution" value="75" />
-    <option name="version" value="2" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/DM ACP/.idea/rSettings.xml

@@ -1,6 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="RSettings">
-    <option name="interpreterPath" value="/usr/local/bin/R" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/DM ACP/.idea/vcs.xml

@@ -1,6 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="VcsDirectoryMappings">
-    <mapping directory="$PROJECT_DIR$/../.." vcs="Git" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/TP1/.idea/.gitignore

@@ -1,8 +0,0 @@
-# Default ignored files
-/shelf/
-/workspace.xml
-# Editor-based HTTP Client requests
-/httpRequests/
-# Datasource local storage ignored files
-/dataSources/
-/dataSources.local.xml

Analyse Multidimensionnelle/TP1/.idea/TP1.iml

@@ -1,9 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<module type="JAVA_MODULE" version="4">
-  <component name="NewModuleRootManager" inherit-compiler-output="true">
-    <exclude-output />
-    <content url="file://$MODULE_DIR$" />
-    <orderEntry type="inheritedJdk" />
-    <orderEntry type="sourceFolder" forTests="false" />
-  </component>
-</module>

Analyse Multidimensionnelle/TP1/.idea/discord.xml

@@ -1,7 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="DiscordProjectSettings">
-    <option name="show" value="PROJECT_FILES" />
-    <option name="description" value="" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/TP1/.idea/inspectionProfiles/Project_Default.xml

@@ -1,12 +0,0 @@
-<component name="InspectionProjectProfileManager">
-  <profile version="1.0">
-    <option name="myName" value="Project Default" />
-    <inspection_tool class="PyPep8NamingInspection" enabled="true" level="WEAK WARNING" enabled_by_default="true">
-      <option name="ignoredErrors">
-        <list>
-          <option value="N806" />
-        </list>
-      </option>
-    </inspection_tool>
-  </profile>
-</component>

Analyse Multidimensionnelle/TP1/.idea/misc.xml

@@ -1,19 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="ProjectRootManager" version="2" languageLevel="JDK_20" default="true" project-jdk-name="20" project-jdk-type="JavaSDK">
-    <output url="file://$PROJECT_DIR$/out" />
-  </component>
-  <component name="RMarkdownSettings">
-    <option name="renderProfiles">
-      <map>
-        <entry key="file://$PROJECT_DIR$/TP2_Enonce_2024.Rmd">
-          <value>
-            <RMarkdownRenderProfile>
-              <option name="outputDirectoryUrl" value="file://$PROJECT_DIR$" />
-            </RMarkdownRenderProfile>
-          </value>
-        </entry>
-      </map>
-    </option>
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/TP1/.idea/modules.xml

@@ -1,8 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="ProjectModuleManager">
-    <modules>
-      <module fileurl="file://$PROJECT_DIR$/.idea/TP1.iml" filepath="$PROJECT_DIR$/.idea/TP1.iml" />
-    </modules>
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/TP1/.idea/rGraphicsSettings.xml

@@ -1,9 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="RGraphicsSettings">
-    <option name="height" value="450" />
-    <option name="resolution" value="75" />
-    <option name="version" value="2" />
-    <option name="width" value="720" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/TP1/.idea/rMarkdownGraphicsSettings.xml

@@ -1,7 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="RMarkdownGraphicsSettings">
-    <option name="globalResolution" value="75" />
-    <option name="version" value="2" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/TP1/.idea/rSettings.xml

@@ -1,6 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="RSettings">
-    <option name="interpreterPath" value="/usr/local/bin/R" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/TP1/.idea/vcs.xml

@@ -1,6 +0,0 @@
-<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
-<project version="4">
-  <component name="VcsDirectoryMappings">
-    <mapping directory="$PROJECT_DIR$/../.." vcs="Git" />
-  </component>
-</project>

Analyse Multidimensionnelle/TP4/TP4-Enonce.Rmd

@@ -1,167 +0,0 @@
----
-title: "TP4 Enoncé"
-output:
-  pdf_document: default
-  html_document: default
----
-
-```{r setup, include=FALSE}
-knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
-```
-
-
-Nous allons étudier un exemple qui porte sur les exploitations agricoles de la région Midi-Pyrénées. Les données proviennent des “Tableaux Economiques de Midi-Pyrénées”, publiées par la Direction Régionale de Toulouse de l’INSEE, en 1996. 
-
-Le tableau de contingence provient du croisement de deux variables, Département (8 modalités) et S.A.U (Surface Agricole Utilisée, 6 classes). Notez que cette dernière est une variable continue discrétisée. 
-
-Voici les abréviations :
-
-Pour les départements
-
-ARIE= Ariège, AVER: Aveyron, H.G. = Haute-Garonne, GERS, LOT, H.P. = Hautes-Pyrénées, TARN, T.G. = Tarn et Garonne.
-
-Pour les S.A.U 
-
-INF05: moins de 5 hectares, S0510: entre 5 et 10 hectares etc..., SUP50: plus de 50 hectares.
-
-1) Importer le tableau de contingence. Appeler le depsau.
-
-```{r}
-library(FactoMineR)
-
-rm(list=ls())
-
-depsau <- read.table("depsau.csv", sep=";",header=TRUE, row.names=c("X"))
-```
-
-
-
-2) L'étude porte sur combien d'exploitations agricoles ? 
-
-```{r}
-n = sum(depsau)
-print(c("l'étude porte sur",n,"exploitations"),quote=FALSE)
-```
-
-
-3) Afin d'étudier la liaison entre les variables Département et S.A.U. réalisez un test du khi-2 d'indépendance au seuil d'erreur 5% (bien écrire le test complètement sur votre copie avec les hypothèses etc.). Vous pourrez utiliser la fonction chisq.test 
-
-```{r}
-chi <- chisq.test(depsau)
-chi$statistic
-```
-```{r}
-tobs <- sum((depsau - chi$expected)**2/chi$expected)
-tobs
-```
-```{r}
-quantile <- qchisq(0.95,(dim(depsau)[1]-1)*(dim(depsau)[2]-1))
-quantile
-```
-
-```{r}
-chi
-```
-
-4) Afficher le tableau des effectifs observés. Vous pourrez utiliser la fonction summary et la question 3.
-
-```{r}
-par(mar =c(a=6,b=6,c=6,d=6))
-barplot(t(chi$observed),beside = TRUE, col = rainbow(6),main = "Observés")
-```
-
-
-5) Afficher le tableau des effectifs attendus sous l'hypothèse d'indépendance entre les deux variables. Vous pourrez utiliser la fonction summary et la question 3.
-
-```{r}
-par(mar =c(a=6,b=6,c=6,d=6))
-barplot(t(chi$expected),beside = TRUE, col = rainbow(6),main = "Observés")
-```
-
-
-6) Calculer le tableau des contributions au chi-2. Commenter.
-
-```{r}
-contrib <- round(((depsau - chi$expected)**2/chi$expected) * 100/tobs,digits = 2)
-```
-
-```{r}
-```
-
-7) Calculer le tableau des probabilités associé au tableau de contingence.
-
-```{r}
-prob <- depsau/n
-```
-
-
-8) Calculer les probabilités marginales des lignes. On pourra utiliser la fonction apply.
-
-
-```{r}
-marg.ligne <- apply(prob,MARGIN = 1,FUN = sum)
-```
-
-9) Calculer le tableau des profils lignes et le profil moyen associé. Commenter.
-
-```{r}
-prof.ligne <- prob / marg.line
-```
-
-```{r}
-prof.ligne.moyen <- apply(prob,2,sum)
-```
-
-
-
-10) Calculer les probabilités marginales des colonnes.
-
-
-```{r}
-marg.col <- prof.ligne.moyen
-```
-
-
-11) Calculer le tableau des profils colonnes et le profil moyen associé.
-
-```{r}
-prof.col <- t(t(prob) / marg.col) 
-```
-
-```{r}
-prof.col.moyen <- marg.ligne
-```
-
-
-12) Lancer une AFC avec FactoMineR sur depsau. 
-
-
-```{r}
-
-res.depsau<-CA(depsau)
-
-summary(res.depsau)
-
-eig.val <- res.depsau$eig
-barplot(eig.val[, 2], 
-        names.arg = 1:nrow(eig.val), 
-        main = "Variances Explained by Dimensions (%)",
-        xlab = "Principal Dimensions",
-        ylab = "Percentage of variances",
-        col ="steelblue")
-# Add connected line segments to the plot
-#lines(x = 1:nrow(eig.val), eig.val[, 2], 
-  #    type = "b", pch = 19, col = "red")
-
-plot(res.depsau, invisible = "row")
-plot(res.depsau, invisible = "col")
-
-```
-13) Combien d'axes factoriels y-a-t-il à calculer ? 
-
-Le nombre d'axes factoriels a calculer est min(I-1,J-1) avec I le nombre de lignes et J le nombres de colones. Il y en a donc 5. Cependant, par le critère du coude, on en concerve que 2. 
-
-14) Faire l'étude statistique complète. 
-
-Le premier axe range les espaces agricoles selon leur superficie et les régions selon le nombres de espaces agricoles ayant la même taille. 
-Le second axe range les régions selon leur concentration en espaces agricole extrême. 

L3/Analyse Multidimensionnelle/TP5/TP5_Enonce.Rmd

@@ -31,10 +31,11 @@ HairEyeColor
 ```
 ```{r}
 data <- apply(HairEyeColor, c(1, 2), sum)
+n <- sum(data)
 data
 ```
 ```{r}
-barplot(data,beside=TRUE,legend.text =rownames(data),main=" Effectifs observés",col=c("black","brown","red","yellow"))
+barplot(data,beside=TRUE,legend.text =rownames(data),main="Effectifs observés",col=c("black","brown","red","yellow"))
 ```
 
   1) Commentez le barplot ci-dessus ? S'attend on à une situation d'indépendance ?
@@ -58,7 +59,7 @@ contrib_moy
   4) Calculer le tableau des contributions au khi-deux  
   
 ```{r}
-contribs <- (test$observed - test$expected)**2 / test$expected / test$statistic * 100
+contribs <- (test$observed - test$expected)**2 / test$expected * 100/test$statistic
 contribs 
 ```
   5) Calculer le tableau des probabilités associé au tableau de contingence.
@@ -75,6 +76,10 @@ prob
 marginale_ligne <- apply(prob, 1, sum)
 profil_ligne <- prob / marginale_ligne
 profil_ligne_moyen <- apply(prob, 2, sum)
+
+marginale_ligne
+profil_ligne
+profil_ligne_moyen
 ```
 
   7) Calculer le tableau des profils colonnes et le profil moyen associé.
@@ -82,6 +87,10 @@ profil_ligne_moyen <- apply(prob, 2, sum)
 marginale_colonne <- apply(prob, 2, sum)
 profil_colonne <- t(t(prob) / marginale_colonne)
 profil_colonne_moyen <- apply(prob, 1, sum)
+
+marginale_colonne
+profil_colonne
+profil_colonne_moyen
 ```
  
   8) Que vaut l’inertie du nuage des profils lignes ? Celle du nuage des profils colonnes ?
@@ -167,7 +176,7 @@ contrib_moy_house
   4) Calculer le tableau des contributions au khi-deux  
   
 ```{r}
-contrib_house <- (test_house$observed - test_house$expected)**2 / test_house$expected / test_house$statistic * 100
+contrib_house <- (test_house$observed - test_house$expected)**2 / test_house$expected * 100/test_house$statistic
 contrib_house
 ```
   5) Calculer le tableau des probabilités associé au tableau de contingence.
@@ -182,12 +191,20 @@ proba_house
 marginale_ligne <- apply(proba_house, 1, sum)
 profil_ligne <- proba_house / marginale_ligne
 profil_ligne_moyen <- apply(proba_house, 2, sum)
+
+marginale_ligne
+profil_ligne
+profil_ligne_moyen
 ```
   7) Calculer le tableau des profils colonnes et le profil moyen associé.
 ```{r}
 marginale_colonne <- apply(proba_house, 2, sum)
 profil_colonne <- t(t(proba_house) / marginale_colonne)
 profil_colonne_moyen <- apply(proba_house, 1, sum)
+
+marginale_colonne
+profil_colonne
+profil_colonne_moyen
 ```
   8) Que vaut l’inertie du nuage des profils lignes ? Celle du nuage des profils colonnes ?
 

M1/Monte Carlo Methods/Monte Carlo Methods.Rproj

@@ -0,0 +1,13 @@
+Version: 1.0
+
+RestoreWorkspace: Default
+SaveWorkspace: Default
+AlwaysSaveHistory: Default
+
+EnableCodeIndexing: Yes
+UseSpacesForTab: Yes
+NumSpacesForTab: 2
+Encoding: UTF-8
+
+RnwWeave: Sweave
+LaTeX: pdfLaTeX

M1/Monte Carlo Methods/TP1-Test.rmd

@@ -0,0 +1,25 @@
+---
+title: "R Notebook"
+output: html_document
+---
+
+The [R plugin](https://www.jetbrains.com/help/pycharm/r-plugin-support.html) for IntelliJ-based IDEs provides
+handy capabilities to work with the [R Markdown](https://www.jetbrains.com/help/pycharm/r-markdown.html) files.
+To [add](https://www.jetbrains.com/help/pycharm/r-markdown.html#add-code-chunk) a new R chunk,
+```{r}
+
+```
+position the caret at any line or the code chunk, then click "+".
+
+The code chunk appears:
+```{r}
+```
+
+Type any R code in the chunk, for example:
+```{r}
+mycars <- within(mtcars, { cyl <- ordered(cyl) })
+mycars
+```
+
+Now, click the **Run** button on the chunk toolbar to [execute](https://www.jetbrains.com/help/pycharm/r-markdown.html#run-r-code) the chunk code. The result should be placed under the chunk.
+Click the **Knit and Open Document** to build and preview an output.

M1/Monte Carlo Methods/TP1.Rmd

@@ -0,0 +1,27 @@
+# Exercice 1 : Uniform
+
+```{r}
+n <- 10e4
+U <- runif(n)
+X <- 5 * (U <= 0.4) + 6 * (0.4 < U & U <= 0.6) + 7 * (0.6 < U & U <= 0.9) + 8 * (0.9 < U)
+barplot(table(X)/n)
+```
+
+# Exercice 3 : Box Muller Algo
+
+```{r}
+BM <- function(n) {
+  U1 <- runif(n)
+  U2 <- runif(n)
+  X1 <- sqrt(-2 * log(U1)) * cos(2 * pi * U2)
+  X2 <- sqrt(-2 * log(U1)) * sin(2 * pi * U2)
+  return(c(X1, X2))
+}
+
+n <- 10e4
+X <- BM(n)
+
+hist(X, breaks = 100, freq = FALSE)
+curve(dnorm(x), add = TRUE, col = "red")
+```
+